組織架構
本中心現有四個組別：水文資訊組、水質與污染處理組、海岸環境組、水文氣象組。
水文資訊組
本組目標以水文資訊分析與建置水情系統，將即時或未來資訊提供相關單位實施應變措施，以達到有效的水資源規劃。主要由水資源及環境工程學系張麗秋教授之研究團隊進行，並帶領助理群與研究生們研發相關水資源的新技術，如線上即時颱洪預報系統、線上水庫即時操作系統、淹水推估模式等自行開發之系統，呈現創新、效率、品質兼顧的研究產品。
水質與污染處理組
本組之主要工作為創新工業廢水處理系統之研發，且提供工廠廢水處理流程及污染防制之諮詢。本組成員主要是由水資源及環境工程學系李奇旺教授之研究團隊所組成，近年與國內及大陸環境工程公司進行合作，開發創新之廢水及資源回收處理系統。
海岸環境組
本組主要工作與目標為研究海岸環境之水動力現象，主要為波浪、潮汐與海流等物理特性，提供給海岸管理相關單位做為海岸工程、近岸過程、防災及港灣規劃等計畫參考。本組成員由水資源及環境工程學系蘇仕峯助理教授之研究團隊所組成，其近年研究採用高解析高效能之數值模式進行模擬近岸水動力模擬，並與國外學者及國內大型顧問公司合作，建構出詳細的近岸水文資訊，以利海岸環境永續發展。
水文氣象組
本組之主要工作目標為水文氣象相關資訊分析及預報系統研發，並將最新成果提供給氣象及水利等相關單位做為防災預警及水資源規劃參考。本組成員主要是由水資源及環境工程學系蔡孝忠教授之研究團隊所組成，近年與美國、歐洲等地之颱風專家亦有長期合作關係，專注於颱風預報相關技術，如颱風展期預報、颱風強度預報等。